使用环境DNA技术测序海水,保护鲸鲨
卡塔尔外阿拉伯湾的鲸鲨。在夏季,鲸鲨聚集在这里。鲸鲨将环境DNA释放到海水中,成为了重要的群体遗传学的研究来源。图片来源:Steffen Sanvig Bach, Maersk Oil Research and Technology Centre, Qatar
通过分析少量海水就能得知世界上体型最大的鱼类 —— 鲸鲨的遗传多样性。据本周《自然-生态与演化》在线发表的一篇论文Population characteristics of a large whale shark aggregation inferred from seawater environmental DNA介绍,这种名为环境DNA (eDNA)测序的技术可以从水中提取生物体的少量DNA,据此能够推断出有关鲸鲨种群健康状况的有用信息。
保护生物学家通常使用野生种群的遗传多样性信息来帮助确定最佳的野生种群管理方式,但是要获取这类数据,需要对研究对象进行侵入性组织采样,而且样本要达到一定规模才能充分代表整个种群,对于生活在茫茫大海中的海洋动物而言,要做到这一点极为困难。
鲸鲨照片。图片来源:Credit: David Philip Robinson, School of Life Sciences, Heriot-Watt University, UK
不过,哥本哈根大学Philip Thomsen及同事克服了这些限制,他们证明,从鲸鲨季节性洄游觅食所在的阿拉伯海湾中提取不到30升的海水进行分析,可以从中获取有用的鲸鲨遗传学信息。据此,他们能够预估当地以及整个印度洋-太平洋海域的鲸鲨种群规模,并且表明从遗传学角度来看,包括阿拉伯海湾种群在内的这些鲸鲨与大西洋海域内的鲸鲨不同。
在过滤水样的通讯作者Philip Thomsen本人。图片来源:Steffen Sanvig Bach, Maersk Oil Research and Technology Centre, Qatar
此前,水中eDNA测序已被用于检测水生生物的存在,但是被用于收集整个种群的遗传学信息尚属首次。目前,鲸鲨被世界自然保护联盟(IUCN)列为濒危动物,作者认为他们提出的这一更加有效的监测技术是对现有工具的一种补充,有助于保护鲸鲨以及许多其它物种。ⓝ
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Population characteristics of a large whale shark aggregation inferred from seawater environmental DNA
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